መንግሥት ከሁለት ዓመት በፊት ጥቅምት 24 ቀን 2013 ዓ.ም. በሰሜን ኢትዮጵያ ከተጀመረው ጦርነት ጋር በተያያዘ፣ በወንጀል ተጠርጥረው ክስ ቀርቦባቸው የነበሩት የሕዝባዊ ወያነ ሓርነት ትግራይ (ሕወሓት) ሲቪልና ወታደራዊ አመራሮች ክስ መቋረጡ፣ ለሰላም የሚኖረው አስተዋጽኦ መልካም መሆኑን የገለጹ የተከሳሾቹ ጠበቆች፣የክሱ ምክንያት ተመሳሳይ ከመሆኑ አንፃር የሁሉም ተከሳሾች ክስ እንዲቋረጥ ጠየቁ፡፡
የፍትሕ ሚኒስቴር መጋቢት 21 ቀን 2015 ዓ.ም ክሳቸውን በማቋረጡ፣ በእነ ደብረፅዮን ገብረሚካኤል (ዶ/ር) የክስ መዝገብ (አጠቃላይ 62 ነበሩ)፣ አብርሃም ተከስተ (ዶ/ር)፣ አዲስዓለም ባሌማ (ዶ/ር)፣ ሰለሞን ኪዳነ (ዶ/ር)፣ ወ/ሮ ኬሪያ ኢብራሒምን ጨምሮ 44 ተከሳሾች መጋቢት 21 ቀን 2015 ዓ.ም. ከእስር ተፈትተዋል፡፡ አምባሳደር ዓባይ ወልዱ፣ አቶ ስብሃት ነጋ፣ አምባሳደር አባዲ ዘሙ፣ ወ/ሮ ቅዱሳን ነጋ፣ ወ/ሮ ሙሉ ገብረእግዚአብሔርን ጨምሮ ሌሎችም ተከሳሾች ባለፈው ዓመት ታህሳስ 29 ቀን 2014 ዓ.ም. በይቅርታ መፈታታቸው ይታወሳል፡፡ አቶ ጌታቸው ረዳ፣ ወ/ሮ ፈትለወርቅ ገብረእግዚአብሔር (ሞንጆኒሮ)፣ አቶ ዓለም ገብረዋህድ፣ አቶ ጌትቸው አሰፋና ሌሎችም ተከሳሾች ክሳቸው እየታየ የነበረው በሌሉበት ነበር፡፡
በሌላ የክስ መዝገብ ማለትም በእነ ሌተና ጄኔራል ታደሰ ወረደ መዝገብ፣ ኮሎኔል በሪሁን ተመስገን፣ ኮሎኔል ባህረ ተበጀ፣ ኮሎኔል ሙላው አዲስ፣ ኮሎኔል መሐመድ ኑሩን ጨምሮ 22 ተከሳሾችም በተመሳሳይ ቀን ከእስር ተፈትተዋል፡፡ ሌተና ጄኔራል ታደሰ ወረደ፣ ሜጀር ጄኔራል ዮሐንስ ወልደጊዮርጊስ፣ ብርጋዴር ጄኔራል ምግበ ኃይለ፣ ሜጀር ጄኔራል ሃለፎም ዓለሙ፣ ሜጀር ጄኔራል ሃለፎም እጅጉን ጨምሮ በርካታ መኮንኖችም ክሳቸው ሲታይ የከረመው በሌሉበት መሆኑ ይታወቃል፡፡ በእስር ላይ የነበሩትና የሬዲዮ መገናኛ ክፍል ኃላፊ የነበሩት ሜጀር ጄኔራል ገብረመድህን ፈቃዱ (ወዲ ነጮ) ሕይወታቸው ማለፉ ይታወቃል፡፡
ጥቅምት 24 ቀን 2013 ዓ.ም. ከተጀመረው ጦርነት ጋር በተያያዘ በወታደራዊ ፍርድ ቤት (ማርሻል ኮርት) ክስ ተመሥርቶባቸው ጥፋተኛ ተብለው፣ ወደ ሰበር አቤቱታ አቅርበው ጊዜ አልፎባቸው ማቅረብ አትችሉም በመባላቸው በቃሊቲ፣ በሽዋ ሮቢት፣ በዝዋይ፣ በአዲስ ዘመን እስር ቤቶች የሚገኙ የመከላከያ ሠራዊት አባላት የነበሩና ከአንድ ዓመት እስከ 20 ዓመታት የተፈረደባቸው ወታደራዊ መኮንኖች፣ ሌተና ኮሎኔል ገብረኪዳን ወልደማርያም፣ መቶ አለቃ ወሉ መረሳ፣ መቶ አለቃ ካሕሱ ብርሃነ፣ ሻምበል ባሻ ክፍለ ካሕሳይን ጨምሮ 25 መኮንኖች እንዳልተፈቱ ታውቋል፡፡
ፍትሕ ሚኒስቴር መጋቢት 21 ቀን 2015 ዓ.ም. ባወጣው መግለጫ፣ ከግጭቱ ጋር ተያያዥ የሆኑ ወንጀሎች ተጠያቂነትን በሚመለከት፣ በሽግግር ፍትሕ ማዕቀፍ ሊታዩ እንደሚገባ ስምምነት ላይ መደረሱን ጠቁሞ፣ ክሱ የተቋረጠው በፌዴራል መንግሥትና በሕወሓት መካከል በደቡብ አፍሪካ በተፈረመው የሰላም ስምምነት መሰረት መሆኑንና የሰላም ስምምነቱ የኢትዮጵያ መንግሥት ‹‹ተጠያቂነትን ያማከለ የሽግግር ፍትሕ ፖሊሲ ተግባራዊ ማድረግ እንደሚገባው›› እንዲሁም ተግባራዊ የሚደረገው የሽግግር ፍትሕ ፖሊሲ ‹‹እውነትን ማረጋገጥ እንዲሁም እርቅና ለተጎጂዎች መፍትሔ መስጠት ላይ ያተኮረ ሊሆን እንደሚገባው›› ባስቀመጠው አቅጣጫ መሠረት መሆኑን አብራርቷል፡፡
በተጨማሪም ከምዕራብ ትግራይ ከሑመራ፣ ራውያን፣ ተርካን ኤርፖርት፣ ከፀገዴና ከዳንሻ መጥተው ክስ የተመሠረተባቸውና ያልተመሠረተባቸው በጎንደር ማረሚያ ቤት፣ በቂሊንጦ ማረሚያ ቤትና በአዋሽ አርባ ወታደራዊ ማዕከል ሲቪሎች፣ ሚሊሻ ወይም ፖሊስ የነበሩ በርካታ እስረኞችም እንዳልተፈቱ ጥብቅና የቆሙላቸው ጠበቃ ሓፍቶመ ከሰተ፣ ጠበቃ ዘረሰናይ ምሥግና ለሪፖርተር ገልጸዋል። እንደ ጠበቆቹ ገለጻ በአጠቃላይ ከጦርነቱ ጋር በተያያዘ ከ200 በላይ የሚሆኑ እስረኞች በተለያየ መዝገብ ክስ ተመስርቶባቸዋል፡፡ ክሳቸው የተቋረጠና የተፈቱት አንድ ሦስተኛ ስለማይሆኑ፣ መንግሥት ጉዳዩ አንድ ዓይነት መሆኑን ተገንዝቦ ሁሉም እንዲፈቱና የታሰበው የሰላም ሒደት አካል እንዲሆኑም ጠይቀዋል፡፡